色谱柱是消耗品，不是仪器原配的情况很多。上图表明柱连接的6种不同方式（数字单位是英寸），如果柱头和不锈钢毛细管接头不匹配，将会产生漏液或者死体积过大的现象。接头比柱头深度长，不易拧紧而漏液；接头比柱头深度短，柱头内留有空隙而产生死体积，使谱带展宽和峰拖尾。

一般认为硅胶基质柱子的pH使用范围是2-8，这是很粗略的。

• 硅胶类型、使用温度、硅胶表面所键合的固定相类型以及缓冲盐的不同，对此均有影响。

• 硅胶比孔容小、键合密度大的填料pH耐受范围要大一些。

• 磷酸盐缓冲盐渗透力强，有加快硅胶溶解的副作用，它的存在会降低pH使用范围。

• 有机杂化硅胶以及硅胶表面涂覆杂化层的硅胶填料，有机质的存在使pH使用范围能到12以上。

• 短期保存(隔夜或隔周末)用所用的流动相（不含缓冲盐）保存为佳，以尽量减少下次使用的平衡时间。

• 一般只建议在长期保存反相柱的时候用纯甲醇或乙腈，一方面纯有机相保存有最大限度减少键合相水解的作用，但纯甲醇（乙腈）又会将已水解而暂时吸附在柱内的键合相洗脱出去，使固定相流失进程加快，寿命缩短。

• 纯有机相保存还有易挥发使柱床变干的缺点，使用80%左右有机相保存也属好的选择，且足以避免长菌。

• CN基柱在有机极性溶剂中柱床不稳定（会导致柱床结构坍塌），适合在水相中低温保存。且低温保存要确保不发生固定相冻结而损坏柱床。

• 离子交换柱和水性SEC柱等适合保存在水溶液中的色谱柱，可加0.05%叠氮化钠溶液防止长菌。

• 正相柱，无论是短期还是长期，都推荐保存在所用流动相中。

• 长期保存时，强烈建议在柱身上贴标签标明保存溶剂。

漂移问题主要包括基线漂移和保留时间漂移。

基线漂移一般说来,机器刚起动时,基线容易漂移,大概要半个小时的平衡时间,如果你用了缓冲溶液或缓冲盐,还有就是在低波长下(220nm)平衡时间相对会比较长。但如果你在实验过程中发现基线漂移,则你要考虑下面的原因:

1. 柱温波动。解决方法:控制好柱子和流动相的温度,检查是否有打开的窗户或空调对着柱温箱。

2. 流通池被污染或有气体。解决方法:用甲醇或其他强极性溶剂冲洗流通池(最好断开柱子)。如有需要,可以用1N的硝酸(不要用盐酸)。

3. 紫外灯能量不足。解决方法:更换新的紫外灯

4. 流动相污染、变质或由低品质溶剂配成。解决方法:检查流动相的组成,使用高品质的化学试剂及HPLC级的溶剂。

5. 样品中有强保留的物质以馒头峰样被洗脱出,从而表现出一个逐步升高的基线。解决方法:使用保护柱,如有必要,在进样之间。在分析过程中,定期用强溶剂冲洗柱子。

6. 检测器没有设定在最大吸收波长处。解决方法:将波长调整至最大吸收波长处

7. 流动相的PH值没有调节好。解决方法:加适量的酸或碱调至最佳PH值

保留时间漂移：

保留时间漂移保留时间重现是液相性能好坏的一个重要标志,同一种东西,两次的保留时间相差不要超过15s,超过了半分钟可看做保留时间漂移,就无法进行定性,你要考虑以下原因: 

1. 温控不当。解决方法:调好柱温,检查是否有打开的窗户或空调对着柱温箱。

2. 流动相比例变化。解决方法:检查四元泵的比例阀是否有故障

3. 色谱柱没有平衡。解决方法:在每一次运行之前给予足够的时间平衡色谱柱

4. 流速变化。解决方法:重新设定流速

5. 泵中有气泡。解决方法:从泵中除去气泡