液相系统压力产生的原因在于流动相流经管路及色谱柱时会有阻力，即所谓的反压或系统压力。漏液会引起系统压力的降低，而堵塞会引起系统压力的飙升。

系统压力的单位有：巴（Bar）、兆帕（Mpa）和磅／平方英吋（psi），它们之间的换算关系为１Bar＝0.1 Mpa＝14.5 psi。

影响系统压力的因素主要有流动相的溶剂组成、温度及流速这三方面：

１）流动相的粘度是产生反压的主要原因，下图为有机溶剂－水的粘度随组成与压力的关系图：

由上图可以看到，乙腈－水比例为（20:80）、甲醇－水比例为（40:60至50:50）时，系统的压力最大。因此，在做实验时应尽量避开这个比例范围。另外，异丙醇粘度大，一般不作流动相使用。

２）流速对反压的影响是线性关系，流速增加，反压亦增大。

３）温度对反压的影响是反比关系，温度升高，反压降低，对某些流动相的影响更大一些。

４）液相色谱仪各模块之间的连接管路也会产生压力，系统压力与管路的长度成正比，与管路直径的四次方成反比（1/4D）。上述考虑的是柱外因素对系统压力的影响，色谱柱对系统压力的影响也很大，反压与色谱柱长度成正比，与填料颗粒度的平方成反比（1.8 μｍ填料比3.5 μｍ填料反压高）。

使用者通过观察仪器的系统监测掌握系统的压力，如果发现压力偏高，不要立即认为“柱压高了”，因为系统压力通常由柱前压力、色谱柱压力和流通池压力加合而成。此时正确的做法是：在操作条件下，测定系统压力，得到p总；卸下色谱柱，在相同条件下，测定柱前压力，得到p前；用两通将泵流出管路与流通池连接，在操作条件下，测定压力，得到p（前+后）。通过计算找出压力高是来自柱前、色谱柱还是柱后。

以上情形假设没有安装保护柱，如果安装了保护柱，压力升高时应先测试保护柱的压力，以便确认问题是否来自保护柱。

通常情况下，泵压的变动值超过了0.5 Mpa，系统压力就属于不稳定的范畴。导致系统压力不稳定的直接原因为流动相流量和组成输出的不稳定，而导致流动相输出不稳定的原因通常包括溶剂互容性较差、系统漏液、系统存在气泡以及输液系统部件工作失效等等。下面将介绍排除“系统压力不稳”的方法。

流动相输出不稳定还会导致基线不稳定以及保留时间变化等现象，所以基线不稳定或保留时间不重现时，先看一下柱压是否稳定，如果不稳定，三个问题可以合并处理。